Les bibliothèques universitaires conservent un riche patrimoine écrit, composé essentiellement d’imprimés et de quelques manuscrits. Ces collections se sont constituées patiemment au fil du temps à partir du XIXe siècle. Elles se sont aussi enrichies de pièces bien plus anciennes, souvent par le biais de dons faits par d’anciens professeurs. Les bibliothèques de l’Université conservent aujourd’hui deux incunables (livres imprimés au XVe siècle) et plus de 300 livres du XVIe siècle ; certaines revues remontent au XVIIIe siècle voire au XVIIe siècle.
Ces fonds sont conservés dans les réserves des BU Fenouillères, Schuman Droit, Médecine, et Saint-Charles. Ils sont consultables sur place selon des conditions spécifiques : s'adresser auprès de chaque bibliothèque.
Les collections des bibliothèques font l’objet de billets réguliers sur le carnet de recherches "Conserver, enseigner, chercher", consacré au patrimoine scientifique d'Aix-Marseille Université et aux fonds patrimoniaux des BU.
Des milliers de documents prestigieux, parfois uniques, difficilement manipulables et communicables, sont accessibles à tous dans la bibliothèque numérique patrimoniale Odyssée.